Las Areas de interés natural que recoge el P.T.P. para Bergara en su plano 1 y en algunas referencias del plano 3, son las siguientes:
Areas de interés natural (Artículos 15-19):
- Como árboles singulares: El Magnolio ubicado en el jardín de la torre Olaso, recogido en el Catálogo del Plan General.
- Como Area de interés naturalístico: el Area Irukurutzeta-Sorus-Itxumendi-GorlaTrekuz, grafiado en los planos de la serie 3 del Plan General y regulado en el Artículo 111 de las Ordenanzas. En los mismos planos y Artículo se representan y regulan también otros ámbitos que superan las determinaciones del P.T.P., y que responden al estudio más exhaustivo realizado por EKOS, para la redacción del presente Plan General.
Areas de interés agrario (Artículo 20):
El Artículo 20 del P.T.P. hace referencia al P.T.S. Agroforestal como instrumento adecuado para establecer las correspondientes estrategias en orden a garantizar el mantenimiento y explotación de los suelos agrarios. El Plan General recoge la información gráfica del P.T.S. en fase de tramitación grafiándola en los planos de la serie 3. En la SECCION V.2.3 de las Ordenanzas marca los criterios de regulación de los distintos tipos del suelo siguiendo las directrices de las Directrices de Ordenación del Territorio (D.O.T.) y del referido P.T.S.
Areas de interés hidrológico (Artículo 21):
Atendiendo a lo señalado en el Artículo 21 del P.T.P., el Plan General hace referencia continua a la aplicación del Plan Territorial Sectorial de Ordenación de Márgenes de los Ríos y Arroyos de la C.A.P.V. (vertiente cantábrica), tanto en los planos de ordenación general del municipio como en las Fichas Urbanísticas de los distintos ámbitos de ordenación (Areas y Sectores).
Areas de interés geológico-geomorfológico (Artículo 22):
En la relación que incluye en Artículo 22 del P.T.P. únicamente la Falla y Brecha Tectónica de Ugarriaga-Azpikoa, situada en el término municipal de Antzuola, puede tener cierta incidencia en Bergara. En cualquier caso se trata de una zona ya protegida desde las determinaciones del Plan General.
Areas a mejorar y/o recuperar:
El P.T.P. delimita la zona anteriormente ocupada por el vertedero de Cerrajera. Estos terrenos son atravesados en la actualidad por la Autopista Eibar-Gasteiz Vitoria. Gran parte de los mismos se utilizaron para realizar los oportunos rellenos para la implantación de la Autopista. La Diputación Foral, como promotora del proyecto y titular actual de los terrenos está realizando las obras de recuperación del vertedero y de los rellenos posteriores. El Ayuntamiento de Bergara tiene convenido con el actual titular, la cesión de los mismos para destinarlos a posible zona verde en el futuro una vez se ejecuten las obras de recuperación.
Valores Arqueológicos:
El Catálogo del Plan General recoge una relación exhaustiva de los Valores Arqueológicos de interés en el municipio, dejando además abierta la lista para la incorporación de todas aquellas nuevas zonas que sean declaradas por el Departamento de Cultura y Turismo del Gobierno Vasco.